在蛋白质代谢检查中，可以用来反映肝功能损伤的主要指标包括血清白蛋白、球蛋白、总蛋白以及凝血酶原时间等。
1. 血清白蛋白：肝脏是合成白蛋白的主要场所。当肝功能受损时，白蛋白的合成就会减少，导致血液中的白蛋白水平下降。因此，血清白蛋白浓度降低可作为评估肝损伤和肝功能的一个重要指标。
2. 球蛋白：球蛋白主要由免疫系统产生，但其合成也受到肝脏的影响。在慢性肝炎、肝硬化等情况下，由于炎症反应增强或自身免疫机制激活，球蛋白水平可能会升高。
3. 总蛋白：总蛋白是指血清中所有蛋白质的总量，包括白蛋白和各种球蛋白。当肝功能异常时，总蛋白含量可能发生变化，但单独使用总蛋白作为判断标准不够准确，需要结合其他指标一起考虑。
4. 凝血酶原时间（PT）：肝脏负责合成多种凝血因子，如II、VII、IX、X等。如果肝细胞损伤严重，这些凝血因子的合成就会受到影响，进而导致PT延长。因此，PT也是评价肝功能的重要参数之一。

综上所述，在蛋白质代谢检查中，通过检测上述指标的变化可以间接反映肝脏的功能状态及是否存在损伤情况。