医改过后虽然对乡村医生的待遇问题等都做出了改变，但是仍有很多的问题存在。

一 劳动报酬问题

根据《乡村医生从业管理条例》第23条之规定，乡村医生有获取劳动报酬的权利。然而，药品实行零差率销售以来，在国家给乡村医生所谓的补助被层层打折扣、超低标准的诊疗服务费情况下，乡村医生将卫生室（站）正常运转费用开支以后所得的收入已所剩无几，人平基本上都只有几百元每月，似乎有点少得可怜，与当前社会的平均工资差距甚远。很明显，乡村医生的劳动付出根本没有得到相应的报酬。

二 劳动保障问题

乡村医生零差率为农民看病、搞新农合门诊补偿、搞公共卫生服务，这都是在给政府做事，这是典型的挂医生牌子不看病人确在干公务员的工作不拿公务员的工资。另外乡村医生在工作中生点小病、受点小伤咱也无所谓，可一旦受重伤致残或不幸死亡，也只能自认倒霉，得不到政府的认定、得不到抚慰、得不到补偿、甚至连一句安慰的话都得不到。遭此劫难而离去的乡村医生们一定死不瞑目。都说哀莫大于心死，我认为哀莫大于死不瞑目。这使全国100万乡村医生心寒、心痛，这种痛是来自内心深处的痛，是一种难以言表的痛。

三 医疗风险问题

乡村医生在医疗服务过程中一旦发生事故（患者死亡、残疾），那就是天大的事、是连想都不敢想的事、是让乡村医生一辈子站不起来的事。这个问题在实行药品零差率销售之后更加凸显。乡村医生实在是太弱小了，凭乡村医生个人的力量是扛不了医疗风险的。国家如果还用得上乡村医生的话，必须拿出行之有效的办法帮乡村医生化解医疗风险。

四 公共卫生任务繁重的问题

到目前为止，许多乡镇卫生院（院长）一直在浑水摸鱼、趁火打劫。他们在克扣乡村医生补助的同时，还肆意增加乡村医生公共卫生服务量。尽管国务院明文规定让乡村医生承担40%公共卫生服务并获取相应的服务经费。实际上，乡村医生承担了80%以上的公共卫生服务，而获取的服务费只在20%以下。对此，乡村医生不敢怒也不敢言。如果这一问题不得到解决，它将成为压死乡村医生的最后一根稻草。