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2017年1月23日，《国家卫生计生委关于设置国家儿童医学中心的函》正式印发，明确将以首都医科大学附属北京儿童医院为主体设置国家儿童医学中心（北京），以复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心为联合主体设置国家儿童医学中心（上海），共同构成国家儿童医学中心。同时上海市计划在上海国际医学园区为上海儿童医学中心预留总面积60亩的医疗用地用于未来中心建设。

根据上海市政府上报的国家儿童医学中心建设方案，未来国家儿童医学中心（上海）将承担全国或区域性疑难危重疾病诊治，带动全国或区域内医疗服务能力的提升；协助制定我国儿童重大疑难疾病的诊疗指南和行业规范；组织开展儿科专业住院医师规范化培训和专科医师培训，培养临床技术骨干和学科带头人；医学教育网|搜集整理建立儿童重大疾病监测系统，确定儿童健康问题研究的学科发展方向，从国家层面组织国际顶尖水平的临床医疗与科学研究合作，推动研究成果向临床应用转化，从而引领我国儿童卫生事业的全面发展。

作为国家卫生计生委和上海市人民政府共同确定的十三五委市合作重点工作国家儿童医学中心，将采取委市共建模式，主体医院负责两个中心的日常运行和管理，上海市和北京市政府负责两个中心的基础设施建设、人员编制和运行经费，国家卫生计生委负责对中心的工作进行业务指导，确定工作目标，下达专项任务和配套经费，开展监督管理，并对工作落实情况进行考核。

国家儿童医学中心（上海）拟设置临床医学部、预防与科学研究部、协作交流与培训部、综合事务部等四大部门，负责国家儿童医学中心职能的落实和运营。

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