主管药师在疾病防治中的主要职责包括以下几个方面：

1.药品管理与监督：确保药品的质量，合理储存和保管药物，防止药品过期、变质；对医院药房的药品进行有效的管理和调配。

2.临床用药指导：为医生提供专业的药物咨询，协助选择最合适的治疗方案，促进安全有效合理的药物使用。同时也要关注患者的个体差异，如年龄、体重等因素对药物剂量的影响。

3.不良反应监测：收集并上报药物不良反应情况，及时发现潜在的安全问题，并采取相应措施减少或避免类似事件的发生。

4.健康教育宣传：向患者普及正确用药知识，提高其自我管理能力；参与社区健康活动，传播预防疾病的相关信息。

5.科研与教学工作：开展药学研究项目，推动新药研发及临床应用；承担实习生、进修生的培训任务，传授专业知识和技能。

6.药物经济学评价：对药品的成本效益进行分析评估，为医疗机构制定经济合理的采购策略提供依据。

7.参与急救救治：在紧急情况下配合医护人员做好抢救工作，确保患者能够及时获得必要的药物支持。

以上就是主管药师在疾病防治过程中所承担的主要职责。