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本药作用广泛，在应用某一药效作为治疗作用，其他便成为副作用。常见有口干，心率加快，视力模糊，皮肤干燥，小便困难，心悸等。一般在停药后逐渐消失，不需特殊处理。极少数过敏者可发生皮疹。在炎热天气，由于抑制汗腺分泌而使体温上升，容易中暑。此外，酸中毒病人可耐受极大剂量的阿托品，阿托品不易显效；而一旦当酸中毒纠正后，较小剂量就能显效，因此在此类病人中使用时必须特别注意，以防中毒。阿托品中毒除上述外周症状加重外，中枢兴奋现象严重，出现呼吸加快加深，烦躁不安，谵妄，幻觉及惊厥等。严重中毒可由兴奋转入抑制导致昏迷，后因呼吸麻痹而死亡。青光眼及前列腺肥大患者禁用，后者因可能使尿道括约肌收缩而加重排尿困难。

中毒解救时主要是对症处理，用镇静药或抗惊厥药对抗其中枢兴奋症状，同时用拟胆碱药毛果芸香碱或毒扁豆碱对抗其周围作用，毒扁豆碱还能透过血脑屏障对抗其中枢症状。呼吸抑制可采用人工呼吸和吸氧。体温过高可用物理降温处理。