截止至2013年，学校拥有中医学、中药学一级学科博士学位授予权，涵盖13个二级学科博士点；拥有中医学、中药学、药学、中西医结合4个一级学科硕士学位授权点，23个二级学科硕士点。
学校拥有内经学、伤寒学、针灸学、中医肝病学、中医肾病学、中医脑病学、中医信息学7个国家局级重点学科，中医学省级重点一级学科，14个省级重点二级学科，设有中医基础理论、针灸推拿学2个省级优势学科，中医临床基础、中药学2个省级特色学科。
湖北中医药大学省级重点学科：
| 省级重点二级学科 | 学科带头人 | 所属院系 | 一级学科/管理部门 |
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中医基础理论
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王 平
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基础医学院
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中医学一级学科 管理部门：临床医学院 |
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方剂学
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吴建红
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中医医史文献
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李成年
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中医诊断学
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邹小娟
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中医临床基础
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李家庚
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临床医学院
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中医内科学
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董梦久
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附属医院
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中医外科学
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皮先明
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中医骨伤科学
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邹 季
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中医妇科学
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黎烈荣
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中医儿科学
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刘晓鹰
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中医五官科学
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王汉明
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针灸推拿学
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王 华
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针灸骨伤学院
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中西医结合临床
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盛国光
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附属医院
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临床检验诊断学
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宁 勇
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医学检验与技术学院
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中药学（培育）
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郑国华
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药学院
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