截止至2013年，学校拥有中医学、中药学一级学科博士学位授予权，涵盖13个二级学科博士点；拥有中医学、中药学、药学、中西医结合4个一级学科硕士学位授权点，23个二级学科硕士点。
学校拥有内经学、伤寒学、针灸学、中医肝病学、中医肾病学、中医脑病学、中医信息学7个国家局级重点学科，中医学省级重点一级学科，14个省级重点二级学科，设有中医基础理论、针灸推拿学2个省级优势学科，中医临床基础、中药学2个省级特色学科。
湖北中医药大学国家重点学科：
| 学科名称 |
学科带头人 | 管理部门 | |
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内经学
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王 平
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基础医学院
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伤寒学
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李家庚
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临床医学院
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针灸学
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王 华
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针灸骨伤学院
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中医肝胆病学
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盛国光
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附属医院
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中医肾病学
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王小琴
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中医脑病学
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董梦久
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中医药信息学
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赵 臻
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信息工程学院
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