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食源性疾病的病原微生物可分为生物性（细菌、真菌、病毒、寄生虫）、化学性和物理性三类。
（1）生物性病原物：污染食物的微生物（细菌及其毒素、真菌及其毒素、病毒）、寄生虫及其卵都可引起人类食源性疾病。
（2）化学性病原物：主要包括农药残留、兽药（抗生素）残留、环境污染物（二噁英、生物毒素、氯丙醇、氯化联苯）及雌激素和重金属等，均可通过植物或动物进入食物链，并引起人类的疾病或健康问题。
（3）物理性病原物：主要来源于放射性物质的开采、冶炼，在国防、生产活动和科学实验中使用放射性核素时，其废物的不合理排放及意外性的泄露医学`教育网搜集整理。
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