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百日咳潜伏期一般为7～14天，病程可长达6周。典型的百日咳经历卡他期、痉咳期、恢复期3个病程。
初起表现为呼吸道症状，有轻微的咳嗽、鼻炎等，约2周时间，称为卡他期。
其后咳嗽加剧、患儿连续咳嗽不止、头颈部静脉充血，面红耳赤或上唇紫绀和流鼻涕。随后咳嗽停止，大量粘液或脓痰由气管排除，伴有呕吐，此时由于肺内缺氧，不得不吸一口长气而发出特殊高调的鸡鸣样吼声，如此发作，每日数次，多至十次，一般为4～6周，为痉咳期。痉咳期一般不发烧，如果有高烧，则可能有继发感染。
最常见的合并症为肺炎医学`教育网搜集整理，是百日咳患者死亡的主要原因。进入恢复期，咳嗽次数明显减少，至咳吐消失，逐渐恢复正常。但有百日咳疫苗接种史的儿童和成人，症状一般不典型。新生儿及小月龄婴儿的初次感染没有明显的痉咳，可表现为呼吸道窒息和咳嗽发作。
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