丹溪著书的态度十分严谨，至67岁时，著《格致余论》一书。不久又著《局方发挥》、《本草衍义补遗》、《伤寒论辨》、《外科精要发挥》等，今仅存前三部书。

《格致余论》是丹溪医论的专著，医学教|育网搜集整理共收医论42篇，充分反映丹溪的学术思想，是丹溪的代表作之一。该书以《相火论》、《阳有余阴不足论》两篇为中心内容，创立“阳常有余，阴常不足”的论点，强调保护阴气的得要性，确立“滋阴降火”的治则，为倡导滋阴学说，打下牢固的基础。其他各篇，侧重论述滋阴降火和气、血、痰、郁的观点，内容十分丰富，每篇中又多以治验相对照。

朱丹溪的医学成就，主要是“相火论”、“阳有余阴不足论”，并在此基础上，确立“滋阴降火”的治则，倡导滋阴学说及《局方发挥》一书，对杂病创气、血、痰、郁的辨证方面。其他，如恶寒非寒、恶热非热之论，养老、慈幼、茹淡、节饮食、节情欲等论，大都从养阴出发，均对后世有深远的影响。

丹溪学说，不仅在国内影响深远，而且在15世纪时，由日本人月湖和田代三喜等传入日本，日本又成立“丹溪学社”，进行研究和推广。迄今日本沿存“丹溪学社”。

至正十八年（1358年）夏，一代医学宗师朱丹溪与世长辞，终年78岁，葬于义乌东朱之郭头庵。