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统计数字表明体液或细胞免疫缺陷者自身免疫病的发生率高于正常随机人群。先天性或后天获得性低丙球蛋白血症者自身免疫病的发生率可高达14%，而正常人群（指无免疫缺陷）中的发生率为0，001～0.01%.细胞免疫缺陷常同时伴有肿瘤与自身免疫的高发现象。
胸腺功能不全、慢性病毒感染、增生性变化等与自身免疫的发生有关。SLE患者血清中胸腺激素含量下降，胸腺萎缩，试用胸腺素治疗曾观察到症状缓解。医学|教育|网搜集整理摘除胸腺对重症肌无力者有显著疗效。
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