病理病原体进入体内后，机体的免疫应答系统即积极反应，调动细胞免疫和体液免疫，同时引起局部或全身的炎症反应。不同病原体引起病理改变的基本性质属于炎症范畴。因此传染病的局部和全身反应的变化规律和炎症的规律基本相同。随着病变的发展，临床也出现潜伏期、前驱期、发病期和愈复期。病变发展过程和病程及病原体的数量、毒力以及机体免疫功能和药物治疗有明显的关系。机体抵抗力强和治疗得当可以缩短病程和减轻损伤，否则病原体繁殖、播散，可造成严重的后果，医学教育网整理如下：

　　感染和感染症

　　感染症是一种经过医学实证，由病原性的微生物之存在或其活动引起，可对宿主伤害或损坏正常其生理功能的人类或其他物种之疾病医学|教育网|整理。而一个引起感染症的病原，可引发感染的能力在流行病学中特称为感染力。此外，感染症也不可和感染混淆，两者并非同义词，因为感染未必会引发疾病症状或宿主不适。在无限多种类且仍在逐渐产生变异的微生物中，只有极少数能够对健康个体产生疾病。感染症的引发事实上不仅肇因于病原的介入，同时也受到宿主防御影响，前者除了可导致患者生理不正常运作，但有时却是感染者本身的防御机制反应所致，因此一个疾病的表现和严重程度是同时建构于病原和宿主本身两方面。因此依照宿主本身的防御力，这些病原又可进一步归纳为主要病原或伺机性病原。多数感染症不会造成患者死亡，而致病之微生物最终通常会屈服于宿主的免疫反应，进而被清除或潜伏在宿主体内这个过程需要免疫机制的参与以杀死或减低病原的活性。但免疫系统对微生物作出的反应常常（但并非全然）是疾病症状的来源，例如发烧、发炎反应、流鼻涕、咳嗽、化脓等，有时这种症状对患者的伤害远大于病原本身的直接伤害。此外，感染疾病、带原或是注射疫苗，甚至是受到结构相似之生物体或非生物，都可能藉以得到抗体而产生对特定病原的免疫力。

　　新兴疾病

　　有时微生物和宿主和谐共生共存或互不侵犯，常见于热带地区发源之病毒、某些昆虫、猿、猴或其他物种，由于两方在平衡中共同演化，通常宿主已具备相当程度之抵抗力，同时这些微生物也演化出更有力的致病能力，但当这些微生物由长期共同演化的物种传染至其他毫无抵抗能力之物种时，可能会产生疾病，却对原先共存之物种不造成实质影响，尤其当转移的物种之间基因表现相似度越高，生物体内的辨识能力也较相似，此时受感染的机会也会大幅提升。换句话说，对于新接触微生物的物种若因此染病，则这个微生物对新的宿主而言是一种病原，对于原先共存之物种，这种微生物不造成疾病，则不为其病原。多数人类新兴传染病及其传播都与人为活动有关，由于环境受到改变，某些区域性的微生物可借此取得新的生态平衡，甚至引发大流行。

　　病原毒力和传染之间的关系相当复杂，而且也深深影响着病原的长期演化，由于微生物和宿主之间的共同演化出新病原需要时间，在一般情况下，病原要找上先锋的攻击目标并非易事，通常需要直接地破坏环境平衡，或是藉生态变化，引发物种迁徙，甚至人为消灭之病原，可由实验室演化后释出。通常首次流行时，由于医疗、公共卫生经验不足，死亡率将最为严重，但若是快速致死的疾病，宿主很可能在病原开始蔓延之前死亡，而毒力对宿主生理运作的改变，也将影响传播的结果，例如呼吸道感染可促使患者将病原咳至空气散布，霍乱则可借由爆炸性的腹泻增加分布的面积。