某些未能完全氢化的氢化植物油的化学结构呈反式的键结，成为反式脂肪酸，它不具有纯天然奶油的营养，而且对人体健康不利。 研究表明，反式脂肪酸对人体的危害比饱和脂肪酸更大。膳食中的反式脂肪酸每增加2%，人们患心脑血管疾病的风险就会上升25%。还有实验发现，反式脂肪酸可能会引发老年痴呆症。《TIME》杂志曾经报道，氢化植物油在自然界是不存在的，是人体无法吸收消化的油脂。 食用氢化植物油会对肝脏产生伤害，进而破坏人体细胞膜，造成细胞的缺陷，影响细胞未来的复制与再生。长期大量使用，可以使人产生身体过早衰老的症状。

我国对氢化植物油的使用尚无明确标准。如果在配料表上注有“氢化植物油”“植物奶油””代可可脂”“起酥油”“精炼起酥油”“植物起酥油”“精炼植物油”“食用植物油”“植物精炼油”“精炼棕榈油”等字样，可能就意味着食品中含有反式脂肪酸。当然并非氢化植物油一定含有反式脂肪。另外，咖啡伴侣的主要配料“植脂末”也是“氢化植物油”，珍珠奶茶中乳香的主要来源也是“氢化植物油”。