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在分子生物学中放线菌酮可被用来确定蛋白质（酶）的半衰期。使用放线菌酮处理细胞，然后使用western blot（蛋白质免疫印迹）实验来显示要被研究的蛋白质随时间的数量变化。由于放线菌酮阻碍蛋白质的合成，细胞内的蛋白质不断减少。
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