微生物变异受到多种因素的影响，主要包括以下几个方面：
1. 遗传物质的变化：这是微生物发生变异的根本原因。遗传物质DNA或RNA在复制过程中可能出现错误，导致基因突变。此外，转座子和质粒等可移动遗传元件的转移也能够引起遗传信息的变化。
2. 环境因素：环境条件如温度、pH值、营养状况、化学物质（包括抗生素）以及紫外线照射等都可能对微生物产生压力，促使它们通过突变来适应新的生存环境。例如，在高浓度抗生素的选择下，细菌可能会产生抗药性变异。
3. 生物学交互作用：微生物之间的相互作用，如噬菌体感染、共栖关系或竞争关系也可能导致宿主微生物发生遗传变化。噬菌体会将其DNA插入到宿主细胞中，有时会携带新的基因；而不同种群间的物质交换则可能通过接合等方式实现基因的水平转移。
4. 人类活动：人类使用抗生素、消毒剂等化学物质以及进行生物工程操作时，也可能诱导微生物发生变异。例如，在医疗环境中过度或不当使用抗生素是导致耐药菌株出现的重要原因之一。
总之，微生物变异是一个复杂的生物学过程，受到遗传学、生态学和环境科学等多个领域的共同影响。了解这些因素对于研究微生物的进化机制及其在临床治疗中的应用具有重要意义。