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腹痛的性质和部位对慢性腹泻的诊断提供重要的线索。小肠疾病的腹痛常在脐周；结肠疾病疼痛多在下腹，便后腹痛常可缓解或减轻；伴有上腹疼痛者，应考虑慢性胰腺炎或胰头癌；有阵发性肠绞痛者，提示各种原因引起的部分肠梗阻；腹泻和便秘交替出现应考虑肠结核、结肠癌、克隆病、慢性非特异位溃疡性结肠炎、肠易激综合征、滥用泻剂、部分肠梗阻等。