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肛瘘多为直肠肛管周围脓肿的后遗症。脓肿自行溃破或经切开引流后，原发灶内口未愈，脓腔逐渐缩小，脓腔周围肉芽组织和纤维组织增生形成管道；由于外口皮肤生长较快，常致假性愈合。粪便经内口进入，由于瘘管迂曲、引流不畅，导致脓肿反复发作溃破、切开引流，形成多个瘘管和外口，成为复杂性肛瘘。瘘管由反应性致密纤维组织包绕，近管腔处为炎性肉芽组织，后期腔内可上皮化。

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