目前，浙江省卫生厅设有18个处室：

办公室

政策法规处

规划财务与审计处

公共卫生应急处理办公室（挂突发公共卫生事件应急指挥中心牌子）

疾病预防控制处（挂省爱国卫生运动委员会办公室牌子）

农村卫生管理处

妇幼保健与社区卫生处（挂计划生育技术指导处牌子）

医政处

食品安全协调监察处

卫生监督局

药械采购管理处

科技教育处

国际合作处（挂港澳台办公室牌子）

省保健委员会办公室（挂保健局牌子）

人事处

离退休干部处

直属机关党委

派驻纪检组、监察室