上海医药高等专科学校努力实践“秉学厚德，擎术济生”的校训，对接国家、上海卫生事业发展，建设具有上海品牌、国内示范、国际竞争力的卫生类高职院校，培养具有国际竞争力、高素质、技能型的医药高等职业技术人才。学校坚持“以服务为宗旨、以就业为导向”的办学理念，探索“工学结合”的相关医学类专业人才培养模式，扎实推进“校企（院）合作、产学一体化”的办学模式和发展道路。学校聚焦国际先进标杆，引入国际行业标准，加强教学内涵建设，形成了国际化合作办学特色。

2006年，学校整体搬迁至上海国际医学园区，新校区建设完成。同年，在上海市教委、交大医学院的关心指导下，全校师生共同奋斗，学校成功跻身本市惟一首批重点建设的国家示范性高职院校行列。经过十年励精图治的艰苦努力，特别是三年“国家示范性高等职业院校”的建设过程，学校的办学规模、质量、结构、效益协调发展，逐渐形成了工学结合、特色鲜明的专业结构体系、敬业爱岗的师资队伍、国家级和市级教学团队与教学老师的示范效应、环境与设施的实验实训中心、综合能力较强、职业素养较高的学生、良好的社会声誉与就业环境、成果显著的国际化办学特色等一系列优势条件。

2009年，学校取得了示范校项目验收和新一轮高职高专人才培养评估的“双丰收”，得到专家、领导的一致好评。这些来之不易的成果大大提升了学校的办学实力，为学校的进一步发展奠定了更为坚实的基础。全校上下以此为动力，继往开来，奋发有为，把学校建设成为汇聚产学结合、医学|教育|网搜集整理校企（院）联合、工学融合的医药高等职业技术人才培养高地。