上海医药高等专科学校于2005年9月经上海市人民政府批准正式建校。学校隶属于上海市教育委员会，接受上海市教委和上海交通大学医学院双重领导。教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。学校新校区坐落于浦东新区周浦地区上海国际医学园区内（周祝公路279号），占地面积384亩，建筑面积100000平方米，可容纳4000余名学生。新校区2006年9月将正式启用。

上海医药高等专科学校前身是上海第二医科大学卫生技术学院，成立于1999年，是上海市培养医学相关类卫生专业技术人才的重要基地，于2003年由上海市教委审批成为上海市示范性高等职业技术建设院校。学校以护理学为龙头专业，被教育部确定为上海市医学类高职院校中惟一的国家“技能型紧缺人才培养培训工程”点建设基地。护理学（中美合作）专业也是上海市教委批准的中外合作教学项目。