武汉大学医学部历史时期：

2000年8月2日，学校与武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学合并组建新的武汉大学，并成为新成立的武汉大学医学部的主体。附属第一医院更名为武汉大学人民医院，并继续保留湖北省人民医院名称；附属第二医院更名为武汉大学中南医院；附属口腔医院更名为武汉大学口腔医院，并继续保留湖北省口腔医院名称。

2001年1月，武汉大学推出学科重组方案，将原有的49个学院和直属系，调整为28个学院，分属于人文科学、社会科学、理学、工学部、信息科学和医学6个学部。采取院系为实体、学部为虚体的管理模式。

2005年9月20日，为了促进学校在医学领域的各个学院、研究所和附属医院之间的协调合作，推动学校在医学领域的更快发展，武汉大学借鉴海内外部分著名医学名校经验，进一步加大对医学领域的支持力度，将医学部实体化，下辖8个学院和3个研究所，有3所附属医院。