上海第二医科大学：

1985年，市政府批准上海第二医学院更名为上海第二医科大学。上海市教卫党委决定二医正式实行院长负责制。院长对二医的行政实行统一领导，对医、教、研各项工作全面负责。党委对行政实行保证监督。

3月卫生部批准成立上海第二医学院临床药理研究中心。5月，国家教委批准二医增设高级护理专业，学制五年。市高教局批准成立高级护理系。5月，学校建立社会科学系医学教|育网搜集整理。本年度，二医大医学生物工程研究中心、上海第二医科大学传统医学研究中心分别成立。

1986年，经国家教委批准，建立卫生管理专业。上海市计划生育委员会同意二医大成立上海市生殖医学研究与培训中心。学校设置成人教育处，撤销原教务处下属业余教育科建制。本年度，学校首次招收医学临床博士生。

1987年，卫生部同意在上海第二医科大学建立“全国医学法语培训中心”。同年，上海血液研究所、二医大口腔医学院分别成立。

1988年，经国家教委批准上海第二医科大学为试办七年制的高等医学院校之一。学校开始招收外国硕士研究生。学校决定成立社会科学部和卫生管理系，撤销原社会科学系。二医大与复旦大学建立校际合作，培养临床医学七年制及五年制英文班学生。市高教局批准二医大设置医学营养专业，学制五年。同年，上海市整复外科研究所、上海市烧伤研究所分别成立。免疫研究所更名为“上海市免疫遗传学与免疫病理学合作中心”。

1989年，经市高教局批准，成立上海第二医科大学基础医学院。市教卫办批复，同意上海第二医科大学附属新华卫校、瑞金医院护校及九院护校合并为上海第二医科大学附属卫生学校。1988年6月至1989年6月先后为上海市第六人民医院，上海市纺织局第一、二医院，卢湾区中心医院，市医学检验中心，市儿童医院，市精神卫生中心等11所医院举行教学医院挂牌仪式。

1991年，上海市编制委员会同意建立上海第二医科大学附属上海儿童医学中心。中法合作建设的卫生部上海第二医科大学法语培训中心在学校揭牌。经国家人事部、全国博士后管委会批准，二医大设立临床医学博士后流动站。同年，上海市激光医学研究所成立。

1992年，二医大开始招收外国博士研究生。

1993年，中国国内第一家人类基因治疗研究中心、二医大生物力学研究室、上海市人类基因组研究重点实验室相继成立。上海市高教局医学细胞生物学重点实验室在二医大挂牌。同年，上海市高级护理中心在瑞金医院揭牌。

1994年，二医大临床医学教育研究中心成立。国务院学位委员会批准二医大为自行审定博士导师的试点单位。

1996年，二医大成人教育学院成立。上海市人民政府组织的专家评审委员会对本校申请进入“211工程”进行了部分预审，同意列入国家“211工程”建设项目。

1997年，上海第二医科大学同意将上海儿童医学中心列为新华医院分支机构。

1998年，上海消化外科研究所、上海人类基因组研究中心成立。嘉定卫校建制归并上海二医大卫校。

1999年，上海市小儿先天性心脏病研究所、上海第二医科大学小儿血液肿瘤研究中心及二医大与中科院上海生命科学研究院共建的“上海生命科学研究院健康科学中心”相继成立。瑞金医院与卢湾区中心医院、上海市政医院合作合并正式启动。

2000年，上海第二医科大学全科医学培训中心宣告成立举行揭牌仪式医学教|育网搜集整理。这是上海市成立的第一家全科医学培训中心。上海第二医科大学与上海交通大学联合组建医学内植物工程联合研究所。

2001年，上海市精神卫生院中心与二医大实行强强联合，共建精神卫生临床医学院。上海第二医科大学发育生物学研究中心成立。二医护理专业由五年制改为四年制。

2002年，中法生命科学和基因研究中心、二医大公共卫生学院、远程教育学院成立。由中科院上海生命科学研究院和二医大联合成立的“健康科学中心”举行揭牌仪式。

2003年，二医大护理学院及上海第二医科大学微创外科中心成立。

2004年，教育部公布首批国家精品课程，二医大王一飞教授领衔的“组织胚胎学”名列其中。二医大研究生院、二医大“国药人文与卫生管理学院”成立。中法共建的“中国科学院上海巴斯德研究所”、二医大与蒙纳士大学合作协议签字暨中澳卫生管理教育研究培训中心分别揭牌成立。二医大与芬兰北中部综合大学联合创立的“中芬医学教育中心”在芬兰科科拉市揭牌。