福建医科大学的院系专业：

截至2014年9月底，学校有福建医科大学基础医学院、福建医科大学公共卫生学院、福建医科大学医学技术与工程学院、福建医科大学药学院、福建医科大学护理学院、福建医科大学临床教学部、福建医科大学人文学院、福建医科大学外国语学院、福建医科大学协和临床医学院、福建医科大学第一临床医学院、福建医科大学第二临床医学院、福建医科大学口腔医学院、福建医科大学省立临床医学院、福建医科大学福总临床医学院、思想政治理论课教学研究部、体育教学研究部、研究生学院、海外教育学院、成人教育学院医学教|育网搜集整理、继续教育学院等20个学院（部）。

学校设有七年制临床医学、五年制临床医学、预防医学、口腔医学、医学检验技术、麻醉学、护理学、医学影像学、药学、公共事业管理、社会工作、康复治疗学、应用心理学、 药物制剂、英语、基础医学、临床药学、生物制药、食品质量与安全、医学影像技术、卫生检验与检疫、医学实验技术、生物信息学、生物医学工程、药物分析等25个本科专业。