在同种移植中，即使外科手术十分成功，没有任何失误，移植物也会因排斥反应（rejection）而不能长期存活，这是长久困扰人们的一个大问题。1944年Medawar等人以周密的实验证明了移植排斥反应是宿主和移植物之间产生的免疫应答；以后相继发现了多种与排斥反应相关的抗原，称为组织相容性抗原或移植抗原。在同种异体移植时，决定组织相容性的同种抗原种类很多，其中起主要作用的称为主要组织相容性抗原；在小鼠为H-2，在人类为HLA.

HLA分子分3类，其中MHCⅠ类和Ⅱ类分子与移植免疫的关系较为密切；目前认为HLA-DR位点的抗原对移植最为重要，其次为HLA-A、HLA-B、HLA-DQ和HLA-DP，HLA-C在移植免疫过程中没有明显作用。HLA复杂的排列组合是一个非常庞大的数字，使得正常人群中除同卵双胞胎以外很难找到HLA基因完全相同者；只要供者与受者之间的HLA抗原有所不同，就会出现程度不等的排斥反应，为临床移植工作带来困难，本章所涉及的组织配型、排斥反应和免疫抑制等多是针对HLA及其诱导的免疫排斥。

ABO血型系统也是主要组织相容性抗原。ABO系统的抗原不仅存在于红细胞，亦存在于血管内皮及其它组织细胞表面，当供者与受者的ABO血型不符时，移植物的血循环重建后会即刻导致严重的排斥反应而使移植失败。但是ABO血型只有4种主要类型，容易检测也容易配型。