该书的作者凌奂，字晓五，江苏吴兴人。清咸丰年间业医。他幼年时体弱多病，思阅方书，恰巧同郡乌镇的名医逸林僧留下很多医书，使他对轩岐、仲景乃至清代诸家的医学学术思想均有涉猎，并能心领神会。放弃科举考试后，他跟随吴郡吴古年老夫子研修医典、同时临证。吴先生独出心裁，把所施药物编程为“本草分队”，是取用药如用兵之意。凌奂对此阐释说：“盖脏腑，即地理也；处方如布阵也，用药如用兵也”。其学术理论喻趣横生，深入浅出。

全书罗列常用中药，合计300余种，植物药、动物药和矿物药俱全；总以五脏六腑分队，大致以补泻温凉为序；如其中心部药队就包括了补心猛将、补心次将、泻心猛将和泻心次将四大类，其他的脏腑还增添了有关温凉的猛将和次将；六腑的药队是指胃部、膀胱部、大肠部、小肠部、胆部和三焦部之药队医学教|育网整理。对每味药的记载，是先陈其害，后言气味所利，同时并详述它的出产、形状、采摘和炮制方法等（合称之为“修治”之法）；这样安排独树一帜而不同于其他各类本草，是凌氏对安全使用中药的突出贡献。这样的成书体例无疑是富有创见和时代前瞻性的。

他在《本草害利·序言》中指出：“凡药有利必有害，但知其利，不知其害，如冲锋于前，不顾其后也。余业是道，二十余年，遇证则慎思明辨，然后下笔，补偏救弊，贻误者少。审识药品出产形状，亲尝气味，使药肆中不敢伪充而误人耳”。