尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。

（1）生殖器部位癌：皮损较硬，边界不清，鳞状上皮瘤有明显的向深部浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。尖锐湿疣一般呈乳头状生长，病变浅表，很少浸润面。

（2）扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。扁平湿疣多发生于肛周及外生殖器周围，基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。详见梅毒部分。

（3）假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇，在成年女性的小阴唇内侧上出现鱼卵状或细小绒毛状、排列规则的增生物，互不融合，长期不变，醋酸白试验阴性。

（4）生殖器鲍温样丘疹病：本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm.临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。作出这一诊断必须是专科医师。

（5）珍珠样丘疹病：发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。米粒大小、圆顶、平滑，互不融合，长期不变。

（6）皮脂腺异位症：丘疹在粘膜内无重叠生长，多为淡黄色。

（7）传染性软疣：单个不融合的皮色半球形丘疹，周围光滑，中央可挤出软疣小体。

（8）软下疳：外生殖器皮肤损害为不规则形溃疡，伴痛性横痃。溃疡面渗出物涂片可能查到杜克雷杆菌。