细菌的形态，染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据；而细菌的生理生化特征一直作为分类的主要依据。

目前，以生理生化学作细菌分类的广泛采用方法有两种，即传统分类法和数值分类法。

1.传统分类法：传统分类的原则是将生物的基本性质分为主要的和次要的（主次原则），然后将主次顺序一级一级地往下分，直至最小区分。按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。科、属、种水平的分类主要依靠生化特性和抗原结构。

2.数值分类法：数值分类法集数字、电子、信息及自动化分析技术于一体，医学教育|网搜集将细菌的一些基本性质视为同等重要（等重要原则），采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条，检测细菌的数十个生理生化特性。每个细菌都能产生一套阴阳性结果，然后转换成数字，通过电子计算机进行复杂计算，比较每一株与其他类同株，测定其相似度。根据相似度，区分细菌的种群，并确定各种细菌的亲缘关系。