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一般非典型疟疾诊断：
1.败血症 疟疾急起高热，热型稽留或弛张者，类似败血症。但败血症全身中毒症状重；有局灶性炎症或转移性化脓病灶；白细胞总数及中性粒细胞增高；血培养可有病原菌生长。
2.钩端螺旋体病 本病流行多在秋收季节，与参加秋收接触疫水有密切关系。医'学教育网|整理临床典型症状“寒热酸痛一身乏，眼红腿痛淋巴大”可供鉴别。
3.丝虫病 急性丝虫病有时需与疟疾鉴别，鉴别主要依离心性淋巴管炎，血片中找到微丝蚴。
4.伤寒、副伤寒 一般起病不急，持续高热，常无寒战及大汗，有听力减退，相对缓脉，玫瑰疹，白细胞减少，嗜酸性粒细胞消失，肥达反应阳性，血或骨髓培养阳性等特点，不难鉴别。
5.急性血吸虫病 来自流行区，近期接触过疫水，有皮疹，嗜酸性粒细胞明显增高，血吸虫皮试阳性，大便孵化阳性，即可确诊为血吸虫病。
6.其它如粟粒性结核、胆道感染引起的长热程发热也要注意鉴别。
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