非合法经营医疗机构的罚则:

第四十四条：

违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。

第四十五条：

违反本条例第二十二条规定，逾期不校验《医疗机构执业许可证》仍从事诊疗活动，由县级以上人民政府卫生行政部站责令其限期补办校验手续；拒不校验的，吊销其《医疗机构执业许可证》。

第四十六条：

 违反本条例第二十三条规定，出卖、转让、出借《医疗机构执业许可证》的，由县级以上人民政府卫生行政部门没收非法所得，并可以处以5000元以下的的罚款；情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》医学教|育网搜集整理。

第四十七条：

违反本条例规定诊疗活动超出登记范围的，由县级以上人民政府卫生行政部门予以警告、责令其改正，并可以根据情节处以3000元以下的罚款；情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》。

第四十八条：

违反本条例第二十八条规定，使用非卫技术人员从事医疗卫生技术工作的，由县级以上人民政府部门责令其限期改正，并可以处以5000元以下的罚款，情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》。