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影响复合物分子稳定性的主要因素是疏水作用和键合力大小，Audie等建立了一种新的经验自由能公式，该方法能够预测蛋白质2蛋白质键合力大小，准确率达到89%.而影响键合力的因素有作用位点空间位的互补、静电相互作用和氢键等，且溶解熵对稳定受体2配体复合物起着重要的作用，所以分子对接的过程主要包括分子间的空间互补和电学性质互补。空间互补是分子间发生相互作用的基础，能量互补是分子间保持稳定结合的基础。