天然存在的糖醛酸有D-葡糖醛酸、D-半乳糖醛酸、D-甘露糖醛酸等，以与糖苷配基结合的糖醛酸苷（ur－onide）形式或聚糖醛酸的形式，成为树胶质、果胶、半纤维素、藻酸、细菌多糖等细胞壁或粘液物质的主要成分。D-葡糖醛酸在动物体内具有与毒物结合（葡糠醛酸结合作用）后排出的作用，也是构成肝素、硫酸软骨素、透明质酸等高活性物质的成分。这样，糖醛酸不是以游离单糖存在，而是以苷或多糖的形态存在于生物体内，它的生物合成是这样进行的：在UDP葡萄糖的酶促氧化反应中生成的UDP葡糖醛酸（UDP glucuronic acid）作为前体，在特异的转移酶的催化下D-葡糖醛酸残基转移到糖苷配基或其它糖链的非还原性末端，形成糖醛酸苷键。医学|教育网搜集整理认为D-半乳糖醛酸、D-甘露糖醛酸、L-艾杜糖醛酸等是在核苷酸糖的阶段或多糖链阶段，由差向异构酶的反应形成的，但实验证据不一定充足。另一方面，在生物体内也广泛分布着特异的水解糖醛酸苷键的酶（β-葡糖苷酸酶）。