二次代谢的主要途径，根据不同的起始原料，可分为以下五类：

①莽草酸（shikimic acid）途径 生成芳香化合物（aromatics），如酚、氨基酸等。

②β－多酮（polyketides）途径生成多炔类（polyalkynes）、多元酚 （polyphenol）、前列腺素（prostaglandins，PGs）、四环素（tetracyclins）、大环抗生素（macrolide）。

③甲羟戊酸（mevolonic acid）途径医学|教育网搜集整理生成萜类（terpenoids）、甾体（steroids）。

④氨基酸（amonoacid）途径生成青霉素（peniciline）、头孢菌素（cephloxine）、生物碱（alkaloids）。

⑤混合途径 如氨基酸和甲羟戊酸生成吲哚生物碱（indole alkaloids），由β－多酮和莽草酸生成黄酮类（flavonoids）。