真菌引起的疾病称为真菌病。真菌种类很多，与细菌相比，对人致病者相对较少，约150种。近年来由于广谱抗生素、肾上腺皮质激素和免疫抑制剂的大量应用，真菌感染有明显增长。真菌病根据病变部位不同可分成浅部真菌病和深部真菌病两大类。浅部真菌病主要侵犯含有角质的组织，如皮肤、毛发和指甲等处，引起各种癣病。深部真菌病侵犯皮肤深层和内脏，如肺、脑、消化道等器官，危害性较大。

真菌一般不产生外毒素，其致病作用可能与真菌在体内繁殖引起的机械性损伤以及所产生的酶类、酸性代谢产物有关。真菌及其代谢产物具有弱抗原性，在人体内可引起变态反应导致组织损伤。真菌的致病力一般较弱，与其致病力有关的因素是感染量和毒力，感染途径和机体免疫状态。只有当机体抵抗力降低时才能侵入组织，大量繁殖引起疾病。造成机体抵抗力降低，诱发深部真菌病的因素有以下几种：①慢性消耗性疾病，如恶性肿瘤、糖尿病和尿毒症等，可使机体免疫功能和抵抗力降低；②长期使用广谱抗生素，敏感的细菌被抑制，消除了正常菌群中与真菌相拮抗的细菌，使真菌得以大量繁殖。有些抗生素可促进某些真菌的生长，如金霉素可促进念珠菌生长；③肾上腺皮质激素可抑制炎症反应和纤维细胞增生，并可稳定细胞内溶酶体的膜，阻止其中酶的释放，影响中性粒细胞和巨噬细胞溶解杀灭微生物的作用。肾上腺皮质激素还能破坏淋巴细胞，使抗体形成减少；④大剂量X线照射、抗肿瘤药物和免疫抑制剂都能抑制骨髓，使中性粒细胞和巨噬细胞减少，机体的免疫功能和抵抗力降低。这些药物并可损伤正常组织和细胞，引起消化道粘膜坏死、出血，为真菌侵入创造条件；⑤治疗用的长时间静脉插管，留置导尿管和大手术，可引起局部损伤，成为真菌侵入的门户，在机体抵抗力低落时在体内繁殖致病。

诊断真菌病有四种基本方法：临床表现，真菌学、免疫学和病理学。最直接的方法是能证明真菌存在于组织中，或在渗出物中可分离培养。病理组织学的改变只有少数病变具有特征性。