口咽部吞咽困难的原因有：

神经肌肉疾病，包括先天性和获得性中枢及外周神经系统疾病，例如脑血管意外、多发性硬化症、帕金森氏病、脑干肿瘤、假性延髓麻痹医学教育网|搜集整理、外周神经和肌肉疾病（重症肌无力、脊髓灰质炎、皮肌炎）

机械性梗阻，如甲状腺肿大压迫、颈部淋巴结疾患、口咽部癌肿、先天性异常、炎症性疾病、颈椎增生

医源性损伤，可由口咽部手术、放疗引起，或由手术、外伤导致支配口咽部的颅神经受损所引起。