心脏神经官能症的诊断需在排除心脏器质性病变的基础上做出，诊断时宜慎重。应排除内分泌性疾病，如甲状腺功能亢进、嗜铬细胞瘤及器质性心脏病如冠心病、心肌病或病毒性心肌炎等。冠心病患者的胸部不适常与活动或体力劳动有关，心得安试验阴性，运动试验阳性;心肌病患者心脏超声检查有阳性发现;病毒性心肌炎患者多有上感病史，急性期血清心肌酶升高可供鉴别。

1. 心绞痛

冠心病心绞痛患者以中、老年男性居多，多数有冠心病发生的危险因素，例如高血压、高胆固醇血症、糖尿病、吸烟史。心绞痛常发生在体力活动、运动或情绪激动过程时，疼痛部位较固定，多为胸骨后，持续时间一般不超过3～5分钟，含服硝酸甘油可缓解疼痛。如果仅从症状表现难以鉴别时，可作运动心电图、核素心肌显像检查，必要时做冠状动脉造影。

2. 甲状腺功能亢进症

典型表现有甲状腺肿大、颈部血管杂音、双手细颤动、突眼、怕热与消瘦等，鉴别不困难。不典型表现时与心脏神经官能症较难区别，测定血清T3、T4可做出诊断。

3. 心肌炎

通常在起病前1～2周有明确感染(病毒或细菌)病史，典型表现有心脏扩大、心音减弱、奔马律、心电图P-R间期延长，各种类型心律失常等。不典型或轻症者较难鉴别。病原学检查，例如血清病毒中和抗体滴定度，有辅助诊断价值。

4. 二尖瓣脱垂综合征

二尖瓣脱垂可以有很多症状酷似心脏神经官能症，而且在以往被诊断为心脏神经官能症的患者中有一小部分是二尖瓣脱垂而被误诊。仔细听诊在二尖瓣脱垂常可听到收缩期喀喇音和收缩期杂音，而超声心动图检查常可做出确切的诊断。

5. 嗜铬细胞瘤