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唾液腺肌上皮细胞标记物中，以Calponin（一种钙结合蛋白）特异性最强。S-100蛋白和波形蛋白在肿瘤性肌上皮细胞中高表达，但特异性低。细胞角蛋白14和p63在向导管基底细胞分化的细胞阳性。免疫组织化学技术常用于唾液腺肿瘤鉴别诊断的有医学教|育网搜集整理：淀粉酶对腺泡细胞癌与其他透明细胞性肿瘤的鉴别；Calponin、S-100蛋白、肌动蛋白、肌球蛋白等用于肌上皮细胞肿瘤的鉴别；细胞角蛋白用于未分化癌与恶性淋巴瘤和其他肉瘤的鉴别；CEA和甲状腺球蛋白用于原发腮腺腺癌和转移性甲状腺癌的鉴别；线粒体用于大嗜酸粒细胞分化的肿瘤的鉴别。
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