天疱疮发病机制的核心是棘层松解（acantholysis）的出现。尽管对棘层松解的许多详细的细节尚不明了，但免疫印迹技术已测定出天疱疮自身抗体结合的靶抗原是分子量为130kD和160kD的桥粒芯蛋白，依次定义为desmoglein3（Dsg3）和desmoglein1（Dsg1）。Ds93和Dsgl属于桥粒钙黏素家族的跨膜糖蛋白，在角化细胞桥粒中起黏附支持的作用，具有将相邻上皮细胞紧密连接的功能。寻常型天疱疮主要含有抗Dsg3的循环抗体医学教|育网搜集整理，部分病人可能还同时含有抗Dsgl的抗体；而落叶天疱疮仅含有抗Dsgl自身抗体。以寻常型天疱疮为例，当天疱疮Ig G anti Dsg3与Dsg3结合后破坏了钙黏素复合体的稳定性和构象，阻碍了正常桥粒的形成，影响了上皮细胞间的紧密连接，导致棘层松解的发生。现已确定病理性抗原决定簇在Dsg3氨基酸末端区域。此外天疱疮IgG还可引起蛋白水解酶的释放，增加纤溶酶含量。促进细胞间黏合物质破坏。