医学发展到了金元便进入了一个更新的重要历史时期。各家纷起，学术争鸣，正如《四库全书提要》中所云“医之门户，分于金元”，使我国医学面貌为之一新。这一时期的成就主要有如下几个方面。

　　（一）研究伤寒，阐发温病。例如刘河间强调“六经传受皆为热证”，决定了河间治疗外感热病的具体方法。他善用寒凉之剂，自制新方，曾说：“余自制双解、通圣之剂，不遵仲景法桂枝、麻黄之药，非余自炫……故善用药者，须知寒凉之味。”从而突破了辛温发表，先表后里的成规，为温病学的形成奠定了基础；医学教|育网搜集整理王好古倡论伤寒内感阴证，指出“阴证一节，害人为尤速”，其伤寒内感阴证理论，实质上是将伤寒学说与脾胃内伤学说作了进一步有机的联系，也是对仲景和易水学说的重要发挥；杜本以《敖氏金镜录》为蓝本，又增补了二十四舌图及有关方剂，专以舌色诊断伤寒，对外感热病的临床诊断具有十分重要的意义，直至明代王肯堂《伤寒准绳》时，还采取了其内容。

　　（二）新学肇兴，百家争鸣。刘河间以“五运主病”、“六气为病”，探讨脏腑六气病机学说；张洁古亦以“五运主病”、“六气为病”为基础，提出“脏腑标本寒热虚实用药式”；张子和力主祛邪却病，善用汗、吐、下三法；李杲重视脾胃元气，强调阳气升发，提出内伤热中证证治；医学教|育网搜集整理罗天益承东垣之学，述气分、血分、三焦热的治疗，论饮食伤须分饮食，劳倦伤当辨寒热，并总结了药误教训；朱丹溪论述相火，倡“阳有余阴不足论”，认为湿热相火为病最多，杂病论治以气血痰瘀为重点。

　　此外，元末明初王履着重对医经的研究，如阐论“亢害承制”，分析四气所伤，发挥阴阳虚实补泻，讨论伤寒与温暑为治的不同，并首创真中、类中说，对后世有一定影响。