DNA克隆(DNA cloning) ：就是应用酶学的方法，在体外把目的基因与载体DNA结合成具有自我复制能力的DNA分子一一复制子(replicon)，继而通过转化或转染宿主细胞、筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增、提取获得大量同一DNA分子，即DNA克隆。由于早期研究是从较大的染色体分离、扩增特异性基因，因此DNA克隆又称基因克隆(gene cloning )。

　　基因组DNA文库：分离组织或细胞染色体DNA，利用限制性内切核酸酶将染色体DNA切割成基因水平的许多片段，其中即含有我们感兴趣的基因片段。将它们与适当的克隆载体拼接成重组DNA分子，继而转入受体菌扩增，使每个细菌内都携带一种重组DNA分子的多个拷贝。不同细菌所包含的重组DNA分子内可能存在不同的染色体DNA片段，这样生长的全部细菌所携带的各种染色体片段就代表了整个基因组。存在于转化细菌内、由克隆载体所携带的所有基因组DNA的集合称基因组DNA文库(genome DNA library)。

　　cDNA文库：以mRNA为模板，利用反转录酶合成与mRNA互补的DNA (cDNA )，再复制成双链cDNA片段，与适当载体连接后转入受体菌，即获得cDNA文库(cDNA library)。与基因组DNA文库类似，由总mRNA制作的cDNA文库包含了细胞表达的各种mRNA信息，自然也含有我们感兴趣的编码cDNA。当前发现的大多数蛋白质的编码基因几乎都是这样分离的。

　　限制性内切核酸酶(restriction endonuclease)： 是能够识别DNA的特异序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。限制性内切核酸酶识别DNA的结构顺序为回文结构。限制性内切核酸酶存在于细菌体内，限制外源DNA、保护自身DNA，对细菌遗传性状的稳定遗传具有重要意义。

　　α互补(alpha complementation)：经改造的M13载体有M13mp系列及pUC系列。它们是在M13基因间隔区插入E.coli的一段调节基因及lacZ的N端146个氨基酸残基编码基因，其编码产物即为β半乳糖苷酶的α片段。突变型lac-E.coli可表达该酶的ω片段(酶的C端)。单独存在的α及ω片段均无β半乳糖苷酶活性，只有宿主细胞与克隆载体同时共表达两个片段时，宿主细胞内才有β半乳糖苷酶活性，使特异性作用物变为蓝色化合物，这就是所谓的α互补(alpha complementation)。由M13改造的载体含不同位置的克隆位点，可接受不同限制性内切酶的酶切片段。如果插人的外源基因是在lacZ基因内，则会干扰lacZ的表达，利用lac- E.coli转染或感染细胞，在含X-gal的培养基上生长时会出现白色菌落；如果在lacZ基因内无外源基因插人，则有lac Z表达，转化菌在同样条件下呈蓝色菌落(图15-8)。再结合插入片段的序列测定可筛选、鉴定重组体与非重组体载体。