古菌（Archaea）又称古细菌、太古菌或太古生物，是原核生物中的一大类。它们既与细菌（真细菌）有很多相似之处，同时另一些特征相似于真核生物。

　　“古细菌”这个概念是1977年由卡尔。沃斯和George Fox提出的，原因是它们在16SrRNA的系统发生树上和其它原核生物的区别。这两组原核生物起初被定为古细菌（Archaebacteria）和真细菌（Eubacteria）两个界或亚界。Woese认为它们是两支根本不同的生物，于是重新命名其为古菌（Archaea）和细菌（Bacteria），这两支和真核生物（Eukarya）一起构成了生物的三域系统医|学教育网搜集整理。

　　在细胞结构和代谢上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因转录和翻译 （遗传学）这两个分子生物学的中心过程上，它们并不明显表现出细菌的特征，反而非常接近真核生物。比如，古菌的转译使用真核的启动和延伸因子，且转译过程需要真核生物中的TATA框结合蛋白和TFIIB.

　　古菌还具有一些其它特征。与大多数细菌不同，它们只有一层细胞膜而缺少肽聚糖细胞壁。而且，绝大多数细菌和真核生物的细胞膜中的脂类主要由甘油酯组成，而古菌的膜脂由甘油醚构成。这些区别也许是对超高温环境的适应。古菌鞭毛的成分和形成过程也与细菌不同。