根据病史，临床表现和实验室检查对本病的诊断并不困难。由于所有凝血筛选试验均正常，与其他出血性疾病的鉴别也不困难。但与先天性α2-抗纤溶酶缺乏症和先天性纤溶酶原激活物抑制剂-1（PAI-1）缺乏症鉴别，在没有作证实试验的情况下则很困难，而这些证实试验目前尚未广泛开展。这两种病均是比第ⅩⅢ因子缺乏症更少见的出血性疾病，也呈常染色体隐性遗传，出血症状也与第ⅩⅢ因子缺乏症相似。临床治疗有助于鉴别。对第ⅩⅢ因子缺乏症患者必须输注血液制品才有良好疗效，单用抗纤溶药如6-氨基已酸疗效不好。而后两种病使用这类药物效果良好。