牙源性颌骨囊肿发生于颌骨而与成牙组织和牙有关。根据其来源不同，分为以下几种：

1、根尖囊肿是由于根尖肉芽肿、慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮参残余增生。增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿，故亦可称根尖周囊肿。

2、始基囊肿始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症或损伤刺激后，成油器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成囊肿。医学|教育|网搜集整理

3、含牙囊肿含牙囊肿又称过滤泡囊肿，发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出而形成含牙囊肿。可来自1个牙胚（含1个牙），也来自多个牙者。含牙囊肿是最常见的牙源性颌骨囊肿之一，占18%，仅次于根尖囊肿。

4、牙源性角化囊肿角化囊肿系来源于原始的牙胚或牙板残余，有人认为即始基囊肿。角化囊肿有典型的病理表现，囊壁的上皮肌纤维包膜均较薄，在囊壁的纤维包膜内有时含有子囊（或称卫星囊腔）或上皮岛。囊内为白色或黄色的角化物或油脂样物。占牙源性颌骨囊肿的9.2%.