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口蹄疫病毒为微RNA病毒科、口蹄疫病毒属成员。该病毒具多型性和变异性,目前已发现O型、A型、C型、南非1型、南非2型、南非3型和亚洲I型7个血清型,每一个型又可分为若干亚型。各血清型之间不能产生交叉免疫,感染某型病毒后的康复动物或免疫某型病毒疫苗后的动物,仍可感染其他型病毒。
病毒须冷藏和冷冻保存,500C以上逐渐失活;pH9.0时可失活;在2%氢氧化钠、4%碳酸氢钠和2%柠檬酸下失活;在有机物存在下,可抵抗碘伏、四铵盐、次氯酸盐和酚等消毒剂;在pH中性的淋巴结和骨髓中存活较久,但在pH<6.0肌肉中失活。在污染的饲料和环境中存活1个月以上,但存活时间与温度和pH值有关。