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防蚊、灭蚊和动物接种通过清除蚊虫孳生场所，开展宣传教育，改善环境卫生条件等方式控制蚊虫等传播媒介的数量。由于流行性乙型脑炎病毒的传播主要是在蚊—猪循环中进行，人是偶发感染宿主。所以在流行季节前，通过提前对猪等家畜进行疫苗接种，中止病毒的自然传播循环，可有效降低人群的发病率。

预防接种

中国主要使用由地鼠肾细胞培养制备的流行性乙型脑炎病毒P3株灭活疫苗。通常在病毒感染开始流行前1个月进行疫苗接种，重点接种对象是10岁以下儿童和来自非流行区的易感人群；主要采用皮下注射2次（间隔7～10天），次年加强注射1次的方式进行；预防接种后人群保护率可以达到76%～90%.但是，由于死疫苗诱导产生抗体的持续时间短、需要多次接种等缺点，减毒活疫苗的研究受到重视。目前，主要根据病毒吸附和形成蚀斑能力的差异来选育有效的减毒活疫苗，中国已经选育出的SA14-14-2和SA14-2-8株减毒活疫苗，对易感人群以及猪和马等家畜进行免疫接种后的抗体阳性率可达到90%以上，并且抗体产生的持续时间较长。