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十二经别之中的六阳经，都要行过与其相表里的脏腑，如“足少阳之别散于肝”，“足阳明之别散于脾”，“足太阳之别散于肾”。六阴经经别也都行过本脏。这不仅说明了十二经别都和脏腑相联属，在机体内部起着濡养脏腑的作用，而且突出了阴阳两经互为表里的配偶关系。其分布与相互的关系比四肢由络脉来沟通表里组织更为缜密。

十二经别辅助了十二经脉对内脏和体表的联系，体现了手足三阴三阳在表里关系上的“离、合、出、人”和相互灌注，同十二正经、十五络脉、奇经八脉等，构成了运行气血循环体系。因为每一经脉均有其自己的经别，所以某一经腧穴主治的范围并不仅仅局限在经脉的循行部位上，这也就具体地说明了经别的作用。

十二经别在《内经》中均无病候的记载。但经别对部分腧穴主治性能有很大的影响，各经经穴所能主治的症候，其发病部位有一些并非经脉所能达到，而是经别到达之处，取该经腧穴进行治疗，往往能获得显著的疗效。如足太阳膀胱经的承山、承筋、合阳等穴，都能治疗痔疾，但是膀胱经的循行通路并不到达肛门，而经别的循行则是“下尻五寸，别人于肛”。