1.淘汰 中药的品种并不是直线上升、只增不减的，而是在不断增减中发展的。早期本草所收某些药物，由于疗效不够确切或受其他因素影响，逐步被淘汰或湮没。如《本经》、《别录》中的有些药物，在现代的中药书籍中已经消失；历代本草中所列 “有名未用” 的品种，亦多属当时淘汰品种之列。

2.取代 中药的品种也不是一成不变的，不少品种往往为其他品种所取代。有的药物因疗效欠佳，故而被后世更优的品种所取代：如汉代的积实原为枸橘，宋代以后被酸橙所取代；有的药物因古代描述不详而被后世新品种所取代：如巴戟天；也有一些原属外来的药物而被国产品种所取代：如早期进口的荜澄茄属胡椒科植物，后世则以国产樟科的山鸡椒的果实取代之；还有因当时采伐过度，资源匮乏，而被同属近缘品种所取代：如秦皮古代用小叶梣的树皮，而现代则以大叶梣或尖尾梣的树皮取代之。

3.同名异物 本草中的品种，在不同的历史时期，同一品名所用的药物名实不一，如《本经》中的通草，实为后世的木通；或同一品名，所用药物的其主次地位发生改变，如白附子古代主要用关白附，而现代主要用禹白附。

4.同物异用 还有一种情况，医学教育网搜|集整理即在不同时期、不同的本草书籍中，把同一品种当作不同品名的药物处理。如瑞香科的狼毒，《本经》、《别录》均称其为“狼毒”，而《滇南本草》则以之作“绵大戟”用。

5.范围伸缩 不同时期、不同的本草文献，对某些药物品种的范围概念不同。如独活与羌活，在《本经》中是混为一谈的，虽然《新修本草》从疗效上加以了区别，《证类本草》所载图形各异，李时珍认为是一类二种，但直至《本草备要》才将其分为两条；又如虎掌与天南星，宋以前本草，分别记为两种药物，而李时珍则将其合二而一，现时亦将虎掌与天南星混用。