凋亡的PMN 内仍存在溶酶体酶等物质，仅因被细胞膜和溶酶体膜包裹起来才没有外泄。因此凋亡细胞需要被清除。若清除机制发生障碍，则许多凋亡的细胞不能被清除而转变为继发性坏死。继发性坏死是指从早期凋亡细胞变而来的凋亡晚期细胞，既有核固缩、碎裂、凋亡小体等凋亡细胞的特征，又具有坏死细胞的特征——胞膜破裂。故继发性坏死的细胞也可因内容物逸出而造成周围组织的炎性损伤，引起全身性炎症反应，进而发展为MODS.因此机体对凋亡细胞的识别、吞噬和清除对防止发生全身性炎症失控至关重要。巨噬细胞是清除凋亡细胞的主力，上皮细胞、成纤维细胞、肝细胞也能吞噬凋亡细胞。有研究测定ARDS 病人支气管肺泡灌洗液中PMN 在20×109/L 者在第14 天均死亡，而第3～14 天PMN 数剧降、肺泡巨噬细胞数增多者均存活，提示巨噬细胞是清除凋亡PMN 的主力，凋亡的PMN 被清除对于ARDS 缓解十分重要。

MODS 早期吞噬细胞功能活跃。我们在肠缺血再灌注损伤的大鼠小肠内看到，凋亡细胞分布多的区域巨噬细胞分布也明显增多。受损肠段不仅淋巴小结增多，生发中心增大，而且其中的树突状细胞及其所吞噬的细胞核碎片也增多。呈增殖状态的巨噬细胞增多。提示巨噬细胞吞噬凋亡细胞后可能进一步激活并诱导自身增殖。严重创伤时巨噬细胞清除能力下降。Herlihy 报道羊烟雾吸入性肺损伤时，肺泡巨噬细胞识别绿脓杆菌及凋亡中性粒细胞的能力下降。我们在创伤失血性休克大鼠，将凋亡的白细胞标记上荧光，见伤后4 h 肺泡巨噬细胞、枯否细胞及腹腔巨噬细胞吞噬凋亡白细胞的能力与正常动物相比显著下降。用三氯化钆封闭小鼠肝枯否细胞，再造成小肠缺血再灌注损伤，见伤后肝医`学教育网搜集整理、脾、胸腺细胞凋亡比未封闭者明显增多。提示巨噬细胞功能状态与早期的脏器细胞凋亡有重要联系。

在体内巨噬细胞怎样快速识别和吞噬凋亡细胞，其机制目前了解尚少。已知细胞凋亡早期，细胞表面出现了多种结构变化，如出现N-乙酰葡萄糖胺、N-乙酰半乳糖胺、磷脂酰丝氨酸及血小板反应蛋白结合位点等。巨噬细胞膜表面有相对应的受体，能识别上述物质而与凋亡的细胞黏附，进行吞噬。炎症组织及脓肿内pH 降低可致巨噬细胞对凋亡的中性粒细胞识别发生障碍，不仅不能将其清除，而且使之坏死崩解。一些细胞因子如IFN-γ、IL-1、TNF-α、GM-CSF、TGF-β、CD36（巨噬细胞黏附分子）等增强巨噬细胞对凋亡细胞的识别能力而促进其吞噬作用。