2012年3于消息，台湾首度发生H5N2高致病性禽流感，彰化、台南都有养鸡场被验出病毒，包括新北、台南也都成立应变中心因应，台湾各地严阵以待。

虽然国际间尚无H5N2禽流感病毒危害人类健康的案例，不过专家提醒民众掌握防疫几项原则：即不接触飞禽、不购买来路不明的禽鸟肉品、不弃养飞鸟、不接触其粪便等，保持身体健康，勤洗手，要吃熟食、鸡肉、鸡蛋都煮熟、每天自主管理体温等。

台南市六甲区养鸡场爆发H5N2禽流感疫情，市府5日将成立紧急应变小组，市长赖清德也将召开会议研商，以因应未来可能的变化。

防疫处长李朝全说，防疫处已对被感染养鸡场3公里内的养禽场消毒检测，这些养禽场分布在六甲区、柳营区及下营区共34场，这3个区同时也是台南市养禽场最密集的区域，检测结果显示，被感染养鸡场周遭养禽场未被传染病毒，显示台南市出产的鸡肉、鸭肉及鹅肉等家禽类肉品安全无虞。

云林县府农业处表示，云林土鸡和肉鸡饲养只数达1000多万只，是岛内养鸡重镇，蛋鸡饲养只数约48万只，占台湾总量约1成，云林县已启动禽流感防疫工作小组因应，加强养鸡场消毒、采样，暂无疫情。

花莲鸡只虽未传出感染高原性禽流感病毒的情形，但因雏鸡多从云林、彰化种鸡场购入花莲饲养，让花莲不敢掉以轻心，除加强监控，也吁请业者加强防疫。

新北市境内有许多候鸟栖息的湿地，新北市农业局持续监测，至3月5日都没有发现高病原性家禽流行性感冒病毒，并紧急成立“动物疫灾灾害应变中心”，加强稽查养禽场、市场、候鸟栖息地。