甲硝唑口服吸收良好，生物利用度80％以上。口服0．25g、0．5g和2g1～2小时后的血药峰浓度(Cmax)分别为6mg/L、12mg/L和40mg/L，达峰时间(Tmax)为1～2小时。广泛分布于各组织和体液中，且能通过血-脑脊液屏障。唾液、胆汁、乳汁、羊水、精液、尿液、脓液和脑脊液等中药物的浓度均与同期血药浓度相近，并都能达到有效浓度。蛋白结合率小于20％。部分在肝脏代谢。代谢物也具有抗菌作用。血消除半衰期(t1／2β)为7～8小时，60％～80％经肾排泄，其中20％为原形，其余为代谢物(25％为葡萄糖醛酸结合物，14％为其他代谢结合物)。10％随粪便排泄，14％从皮肤排泄。

芬布芬口服后2小时左右80％被吸收。活性代谢物的血浓度在6—8小时达峰值。半衰期(tl/2)较长，约7小时，但72小时仍在血中可以测到浓度。血浆蛋白结合率为98％～99％。66％由尿排出，10％由呼吸道排出，10％由粪便排出。