种子含有毒成分，为4-O-甲基吡哆醇（4-O-methylpyridoxine），称为银杏毒素（ginkgotoxin）。还含6-（8-十五碳烯基）-2，4-二羟基苯甲酸[6-（pentadec-8-enyl）-2,4-dihy-droxybenzoic acid],6-十三烷基-2，4-二羟基苯甲酸（6-tridecy-2,4-dihydroxybenzoic acid），腰果酸（anacaridc acid和钾、磷、镁、钙、锌、铜等25种元素）。种仁含蛋白质，脂肪、碳水化合物、糖等。